Sì, c'è sempre il rischio di perdita di dati anche se il software (iTunes e iOS) è progettato per consentire di effettuare un backup e trasferire tutti i dati prima che cancelli qualsiasi cosa.
È meglio andare online / chiamare Apple o visitare un negozio e cercare come impedire una sincronizzazione automatica per la tua versione di iTunes e i passaggi per eseguire il backup / trasferire quel contenuto prima di iniziare.
Senza conoscere la tua versione iOS e la versione di iTunes, è difficile essere più specifici. Dovrebbe andare bene, ma meglio essere preparati in anticipo.