MP4Tools funziona per questo. Passa attraverso h.264 e flussi audio, oppure puoi convertire come meglio credi. È gratuito, ma $ 5 per rimuovere la schermata nag che si apre ogni volta che apri un file e per ottenere operazioni batch. Non l'ho testato con capitoli e sottotitoli, ma penso che possa gestirli bene.
Una parola di cautela: se hai file con audio AC3 che vuoi lasciare come secondo canale, ha un'opzione per fare il pass-through di questo e aggiungere una traccia stereo AAC, ma non lo fa riordinarli, il che può causare problemi con QuickTime X / iPad / AppleTV.
MP4Tools non funziona per nulla al di sotto di 10.6, quindi MKVtools è una buona alternativa per 10.5. Stesso sviluppatore e funzionalità di base, dovrebbe funzionare bene per i tuoi scopi.
L'altra opzione lo sta facendo manualmente usando gli strumenti da riga di comando, mkvtoolnix per estrarre gli stream dal mkv, e MP4Box per riconfezionare in un MP4. Se hai bisogno di convertire l'audio in AAC, ffmpeg è un buon punto di partenza, ma ci sono altre opzioni. A meno che non sia necessario un livello di controllo che MP4Tools non fornisce, direi di stare alla larga dalla linea di comando. È utile, ma più fastidio di quanto valga se MP4Tools fa quello che ti serve.
Un altro buon strumento è Subler , che è un bel programma di tagging. Purtroppo manca una modalità batch, ma è comunque molto buona - molto più veloce nella scrittura dei tag rispetto ad altri programmi che ho provato. E fintanto che i file hanno la stagione e l'amp; numeri di episodio, la ricerca automatica dei tag funziona alla grande.