I dati degli utenti sono conservati in aree molto specifiche delle app iOS e ci sono ulteriori aree (cache e tmp) in cui è possibile memorizzare temporaneamente i dati che possono essere ricreati al volo (o tramite riscaricamento), se necessario. Fino a iOS5 un aggiornamento tramite l'App Store sarebbe una reinstallazione completa, efficacemente, ma preservando l'area dei dati dell'utente in modo che il tuo Angry Birds aggiornato conservasse i tuoi punteggi migliori ecc. Elimina l'app, tuttavia, e cancelli anche queste aree utente, in quanto non possono esistere al di fuori dell'app (sono sandbox e non sono disponibili tramite un meccanismo simile al filesystem ecc.
Per proteggere queste aree, eseguire il backup tramite iTunes. L'App (o l'ultima versione binaria di esso) è archiviata così come i dati dell'utente. È possibile scaricare un'app, creare alcuni dati, eseguirne il backup, rimuovere l'app & dati, quindi aggiorna l'app da iTunes senza installarla sul tuo telefono, quindi aggiungi l'app alla tua lista di sincronizzazione, a quel punto passerà sopra il nuovo binario e ripopolerà le aree utente con i tuoi dati salvati.
Credo che da iOS 5 sia possibile eseguire un aggiornamento "delta", in cui invece di reinstallare l'intera app (mantenendo i dati dell'utente) si scaricano solo i bit che sono stati modificati, ma al momento non riesco a trovare i dettagli esatti. Certamente gli aggiornamenti futuri del sistema operativo avverranno in questo modo, e sono certo che sarebbe arrivato se non fosse già arrivato ai download degli app store, sia sugli app store Mac che su quelli iOS.