Oltre alle cartelle menzionate da Patrix, ho scoperto che Apple Mail (almeno la versione di OS X 10.9 Mavericks) utilizza un'altra cartella, all'indirizzo:
..... / Library / Contenitori / com.apple.mail
Dopo aver provato a fare un nuovo riavvio di Mail disabilitando (ridenominando) tutte le cartelle che pensavo stesse usando (e avendo fatto un Forzare-Esci del processo "cfprefsd" nel mio username, per reimpostare ulteriormente le cache), il mio Mail si è bloccato durante il tentativo di avvio.
Quando ho disabilitato anche la cartella in Libreria / Contenitori, l'applicazione Mail è stata in grado di avviarsi.