Ottima domanda. Questa è stata una delle mie prime confusioni sul Finder quando si passa a Mac. Ecco cosa penso:
Su altri sistemi operativi, il menu del programma è contenuto nella finestra dell'applicazione attiva. In quanto tale, ogni finestra è essenzialmente un'istanza completa del programma. (Non c'è molta integrazione con Windows Explorer, come con Finder su Mac OS. È una piccola differenza, ma altera davvero l'esperienza dell'utente. (La mia prova è il fatto che tu stia facendo questa domanda.)
Per contro, su Mac OS X, la barra dei menu nel Finder è dove vanno tutti i menu delle app. Tutti i programmi in esecuzione sono legati al Finder in modo diverso rispetto ad altri sistemi operativi. Su Mac, un programma può avere finestre ausiliarie e così via. In altri sistemi operativi, generalmente hai "pannelli" simili nella loro finestra.
Inoltre, ricorda che i pulsanti giallo e verde influenzano solo la finestra in cui si trovano, quindi sembra strano raggruppare un controllo che effettui l'intera app con due che hanno effetto solo su una finestra. Pertanto, il "punto rosso" interessa solo la finestra attiva.
Un'eccezione degna di nota è il Mac App Store. In tal caso, sei corretto al cento per cento. Facendo clic sul punto rosso si chiude l'intera app. Nota come l'App Store non ha menu o riquadri ausiliari? Chiudere quella finestra significa davvero che stai uscendo dall'app.