Sì, in prima approssimazione sono gli stessi, ma il meccanismo dell'aggiornamento è diverso poiché uno può essere un aggiornamento delta e auto-applicato e l'altro installa una build completa invece di applicare patch al sistema operativo.
Scavando più a fondo, l'aggiornamento OTA implica che il sistema operativo e il dispositivo funzionino correttamente, quindi iTunes è una buona scommessa se si vuole veramente garantire che l'aggiornamento vada bene o si desidera mettere il dispositivo in modalità di ripristino per garantire il nuovo sistema operativo e solo il nuovo sistema operativo è stato scritto. Ovviamente, se il dispositivo ha problemi, puoi scegliere iTunes per controllare l'aggiornamento piuttosto che sperare che il dispositivo installi correttamente la patch.
Supponendo che il tuo dispositivo funzioni bene, puoi aggiornare in modo sicuro OTA e in molti casi - il download è un aggiornamento delta che è più piccolo dell'intera immagine se stai facendo un aggiornamento che non è una versione principale (4.0 o 5.0 che ha iniziato le funzionalità OTA e presumibilmente 6.0 quando viene spedito).
L'utilizzo di iTunes ti dà anche la possibilità di trasferire gli acquisti e ridurre il numero di app che dovrai scaricare nuovamente dopo un aggiornamento importante. Di nuovo, non un problema sugli aggiornamenti incrementali come l'aggiornamento 5.1.1 dalla 5.1.
In pratica, anche questo è stato definito come un fattore decisivo per il jailbreak che è stato rilasciato per iOS 7 in cui le note dicevano che l'exploit non funzionerebbe contro un dispositivo OTA iOS 7, e solo contro un ripristino pulito da dispositivo iTunes. Non so se questo ha a che fare con la chiave di firma o con una differenza effettiva nelle due immagini, ma mostra che i processi sono davvero diversi sotto alcuni aspetti.