Esci da iTunes. Quindi puoi accedere alla directory "~ / Music / iTunes / Mobile \ Applicazioni /" e cancellare manualmente le app utilizzando il Terminale o il Finder. Prima della prossima sincronizzazione, in iTunes fai clic con il pulsante di controllo per selezionare la voce di menu "Ripristina avvisi" del tuo dispositivo. Durante la prossima sincronizzazione, iTunes potrebbe chiederti se desideri (ri) copiare i file acquistati dal dispositivo. Dì semplicemente di no. iTunes verrà confuso, ma le app rimarranno sul dispositivo e non sul tuo HD.
Sarebbe meglio prima fare una copia di backup della directory delle applicazioni mobili con Time Machine, o su un altro HD, prima di fare un pasticcio con i dati interni di iTunes come questo.