Credo che il comportamento predefinito di Safari sia quello di aprire un collegamento nella finestra aperta più vecchia. Le finestre ridotte a icona tendono a diventare obsolete, quindi il fastidio di Safari di visualizzare finestre ridotte a icona quando si apre un collegamento da un'altra app.
Puoi facilmente testarlo. Aspetta che succeda. Quindi ridimitare la finestra. Il comportamento dovrebbe essere ripetibile all'infinito. Quindi copia l'URL della finestra che vuoi minimizzare e chiudi quella finestra. Apri una nuova finestra, incolla l'URL, premi Invio e riduci a icona. Quindi apri il link esterno e non andrà più a quella finestra.
Naturalmente questo non aiuta - spiega solo il comportamento. L'unica cosa che potrebbe eventualmente aiutare è presentare una segnalazione di bug:
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