Nessun indice metadati è ricercabile solo quando i documenti iCloud vengono eliminati o non memorizzati localmente. Un file viene solo indicizzato quando viene scritto attraverso il filesystem locale e l'indice dei metadati viene aggiornato.
Spotlight indicizza solo un'unità locale nei miei test di 10.12.2 quindi mi aspetto che tu perda i dati di ricerca spotlight per tutti i file che sono inizialmente scaricati sul tuo Mac ma che poi vengono eliminati con una riduzione dello spazio su disco locale cache dei file.
Esistono meccanismi per macOS per mantenere un indice di riflettori da un volume di rete remoto ed è anche ipotizzabile che Apple possa progettare una soluzione in cui i metadati di Spotlight siano mantenuti localmente quando si verifica la prugna. Non riesco a verificare che l'implementazione sia stata eseguita o completata.
Se riuscirò a ottenere un caso di test, modificheremo questa risposta con i dettagli, ma il lavoro per risolverlo è più fastidioso della mia curiosità al momento. Sarebbe abbastanza facile configurarlo se avessi eseguito il backup dello storage a 50 GB per un mese e installato macOS con un'unità di avvio inferiore a 50 GB.