Anch'io preferisco che Mail.app non contrassegni il messaggio successivo come letto. Sto anche usando Yosemite. L'unico modo per farlo è nascondere il visualizzatore dei messaggi:
Mail = > Preferenze = > Visualizzazione della scheda = > seleziona "Usa layout classico"
Ora la finestra Mail mostra solo l'elenco delle Mailbox a sinistra (che è opzionale) e i messaggi nella casella di posta corrente a destra. (Potrebbe essere necessario trascinare il divisore tra il riquadro della lista dei messaggi e il pannello del visualizzatore dei messaggi fino in fondo alla finestra.) Per visualizzare un messaggio, fare doppio clic sulla vista elenco e si apre in una finestra separata . Da lì, puoi chiudere, rispondere, inoltrare, contrassegnare o cancellare. Se lo elimini, il messaggio successivo nell'elenco viene evidenziato, ma non contrassegnato come letto finché non lo apri.
Spero che questo aiuti.