Non esiste un modo "migliore" generalmente accettato per le app non fornite da Apple, non da App Store Mac da aggiornare. Ci sono molti modi, alcuni usano gli strumenti di linux, altri reinventano certe ruote, altri lo scripting rsync / arricciano in un modo simile a come l'homebrew è costruito su un core script e su ricette di pacchetti ruby.
Per quanto riguarda l'aggiornamento automatico delle app (o almeno la notifica agli utenti finali quando un aggiornamento potrebbe essere disponibile), alcuni usano un framework come sparkle per verificare gli aggiornamenti o programmare il proprio meccanismo di controllo degli aggiornamenti. Microsoft Office, Chrome, Firefox e molte altre app non hanno bisogno di altri meccanismi di aggiornamento se non optare per il meccanismo di auto aggiornamento.
Le botti di Homebrew probabilmente si aggiornano così come l'esperienza homebrew di base per gli strumenti a linea di comando, quindi inizierei con quello e poi fare una domanda sulla domanda se / quando hai in mente un'app specifica che non si aggiorna ai tuoi desideri.
Se gestisci i Mac professionalmente, ci sono molti framework per l'immagine, l'aggiornamento e persino il tuo "app store" per confezionare versioni specifiche di app e il processo Apple di side-step.