In entrambi i link Chrome e Safari mailto:
apri iTerm anziché Mail .
Sembra che questo abbia iniziato a succedere proprio nello stesso periodo in cui ho aggiunto una scorciatoia tramite Impostazioni > Tastiera > Tasti di scelta rapida > Scorciatoie da app per utilizzare command+enter
per Invia nell'app Mail.
Ma non ho idea se questo abbia qualcosa a che fare con questo problema, o dove altro possa anche iniziare a cercare.