Sì. A meno che non acquisti le app dall'App Store, non saranno app App Store ufficiali. Significa che non è necessario eseguire la reinstallazione se è necessario, senza installare su altri Mac, ecc. E non riceverai aggiornamenti tramite App Store, riceverai aggiornamenti tramite Aggiornamento Software (che puoi trovare in Preferenze di Sistema).
Tuttavia, se / quando effettui l'upgrade a Mountain Lion, che è uscito la scorsa settimana, l'Aggiornamento Software è stato integrato nell'App Store. Quindi tutto il tuo software Apple, indipendentemente dal fatto che sia stato acquistato o meno tramite l'App Store, viene aggiornato in un unico posto.