OSX deve indovinare quale monitor è quale, poiché le informazioni EDID sono le stesse per entrambi (salvare il numero seriale, presumibilmente, ma OSX non sembra prestare attenzione a ciò). Di solito cerca di impostare le cose fino alla configurazione precedente osservando come i dispositivi sono collegati nell'albero delle connessioni, tuttavia con Thunderbolt l'albero delle connessioni non è così semplice come lo era con displayport e USB.
Dovresti essere in grado di risolvere il problema collegando un monitor alla volta (ad esempio, scollega la connessione thunderbolt per il terzo monitor, collega il secondo, quindi collega il terzo indietro). Tuttavia, questo è meno che ideale, soprattutto dal momento che tutte le tue app torneranno al monitor principale, invece di come le hai configurate in precedenza.
Quando Apple rilascia un aggiornamento del display del fulmine, anche il collegamento di uno di quelli vecchi e uno di quelli nuovi dovrebbe risolvere il problema: non appariranno come lo "stesso" dispositivo, quindi OSX avrà un tempo più semplice per tenere traccia di quale è quale.
Finché ciò non accadrà, un'altra cosa che puoi provare è allegare la terza con un cavo di prolunga thunderbolt. È un dispositivo attivo e potrebbe alterare l'albero delle connessioni in modo tale che OSX avrà un tempo più semplice per tenerne traccia.
Se ciò non ti aiuta, la soluzione migliore è attendere fino a quando non aggiornano il display del fulmine e se ne aggiornano solo uno quando lo fanno.