Per ovviare al problema, ho trovato questo:
Annota con Preview o GoodReader. Sull'iPad, GoodReader può estrarre il testo delle annotazioni, quando selezioni 'visualizza riepilogo'. Questo sommario può essere salvato come file txt.
[ Aggiornamento : GoodReader sembra aver rimosso il "riepilogo visualizzazione" in formato .txt per qualche motivo insondabile. Una soluzione alternativa (almeno per me) è utilizzare il servizio gratuito, Invia a DropBox . Basta selezionare "riepilogo email" e le annotazioni appaiono in un messaggio di posta elettronica. Invia questo al tuo indirizzo di posta Invia a DropBox e hai un file .txt con le tue annotazioni. In alcuni modi, se usi DropBox, questo è più facile perché taglia il passo del caricamento del .txt]
In OS X, ho scaricato Skim . Posso aprire una copia di un pdf annotato in Anteprima o GoodReader, quindi convertire le annotazioni nel formato .skim selezionando il file > converti note. Fatto ciò, posso selezionare il file > esporta e c'è un'opzione per esportare le note come file txt.
Se qualcuno riuscisse a trovare una soluzione più elegante, sarei molto interessato a sentirlo.