Puoi rimuoverlo, ma la mia esperienza è stata che alla fine lo vorresti di nuovo, e anche come sviluppatore Apple potresti perdere l'accesso ad esso in futuro mentre aggiornano xCode.
Non è un grosso problema se non hai intenzione di mantenere le tue vecchie app, le manterrai sempre aggiornate e le trasferirai a nuove versioni di xCode man mano che escono, ma la transizione da xCode 3 a 4 è stata dura per molti sviluppatori, e anche ora alcuni software sono sviluppati in xCode 3 per supportare lo sviluppo del disco del kernel per OS X 10.4, che non è più completamente supportato in xCode 4.
In genere, l'opzione migliore è quella di archiviare l'app di installazione da qualche parte in un secondo momento. Non ha bisogno di stare sul tuo Mac tutto il tempo, ma potresti trovarti ad averne bisogno mentre ti sviluppi qualcosa che dovresti aggiornare in seguito.