Questo dipende in larga misura dal tuo hardware. Filevault comprende essenzialmente 2 elementi principali:
crittografia
Limitato dalla CPU, più veloce è la tua CPU, più velocemente il sistema operativo può crittografare e decrittografare i dati sul disco. Filevault utilizza la crittografia a 256 bit, quindi è un processo abbastanza delicato
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Una volta che la roba è stata crittografata (o prima che possa essere decifrata) è necessario leggere o scrivere su disco. La differenza tra un SSD e il tradizionale piatto rotante è enorme. Ciò che potrebbe essere un processo di decrittazione lento potrebbe essere costituito per l'utilizzo dell'accesso rapido alleggerito.
Quindi, in realtà dipende da tutti i tipi di cose e da come possono influire su quanto sopra. Non elencherai l'hardware, in modo da renderlo praticamente impossibile da valutare.
Aneddoticamente, poiché è l'unica misura che ho a disposizione, ho installato Lion su un Macbook Air da 1.6 Ghz con SSD con e senza Filevault. In uso ha iniziato a rallentare leggermente, ma ho dovuto cronometrare (ho dimenticato i tempi, ma era del 15% più lento), ma in uso non ho visto differenze evidenti.
Supponendo che tu disponga di un disco USB Time Machine, direi che l'impatto sarà inesistente, in quanto è altamente improbabile che qualsiasi effetto sulle prestazioni lo porterebbe al di sotto delle normali prestazioni USB.