Accedi al menu sul tuo monitor esterno. Se c'è un'opzione che consente a un dispositivo di passare l'alimentazione dell'altro tramite HDMI, assicurarsi che questo sia deselezionato (onestamente, non penso che questo avrà un effetto come il tuo laptop sta facendo la guida, ma per il bene della risoluzione dei problemi ...).
Anch'io uso una retina MBP con monitor esterno (via HDMI). Se spengo il monitor esterno mentre ha le finestre delle applicazioni sul desktop, lo schermo del mio laptop si aggiorna e le finestre vengono spostate sul display del mio portatile. Tuttavia, se riaccendo il monitor esterno, queste finestre dell'applicazione "automagicamente" tornano al punto in cui si trovavano (stessa posizione e dimensioni) sul desktop esterno (a patto che nel frattempo non abbia spento il computer) . Quindi, sembra che una soluzione (se si è impegnati a fondo anche usando il display del portatile) è di lasciare il portatile aperto, ma ridurre la luminosità dello schermo a 0. Lo faccio sempre quando guardo un film sul grande schermo, e, veramente, il profilo del laptop non è meno "ingombrante" di quanto sarebbe se fosse chiuso. Un ulteriore vantaggio di questo metodo è che il portatile rimane più fresco (rispetto al contrario chiudendolo). Puoi verificarlo con qualsiasi app gratuita per il monitoraggio della temperatura.
Se quanto sopra non funziona o è altrimenti intollerabile, stai osservando alcuni script di Linux pesanti per far funzionare qualcosa del genere (il che, anche per un programmatore esperto, dovrebbe rivelarsi una grande esperienza di apprendimento, se anche possibile).