Ci sono due risposte abbastanza diverse, a seconda che non ti interessa che altri programmi non saranno in grado di elaborare il file di progetto, o se vuoi assicurarti > em> che non possono.
Nel primo caso, si tratta semplicemente di inventare un nuovo formato di file. "Formato file" è il termine tecnico; cercalo e otterrai molte informazioni su come sceglierne uno (binario rispetto a testo, compatibilità verso l'alto, efficienza, ecc.).
Nel secondo caso parli di sicurezza di influenza esterna. Questa è una cosa molto più difficile da raggiungere, e in effetti è praticamente impossibile se il computer che dovrebbe eseguire la tua applicazione dovrebbe anche essere in grado di aprire tale file senza l'intervento dell'utente (ad esempio digitando una password). Tuttavia, proteggendo i dati interni, un utente malintenzionato può sempre tenere traccia di ciò che sta facendo il programma quando legge il file di progetto e copia tali azioni.