Quali sono alcune strutture dati che dovrebbero essere conosciute da qualcuno coinvolto nella bioinformatica?
Immagino che tutti dovrebbero sapere di elenchi, hash, alberi bilanciati, ecc., ma mi aspetto che ci siano strutture di dati specifiche del dominio. C'è qualche libro dedicato a questo argomento?
Grazie, Lucian
Non riesco a pensare a strutture dati davvero uniche per la bioinformatica. Esistono molti algoritmi comuni nella bioinformatica, ma che non si vedono troppo spesso nella programmazione commerciale generica. La programmazione dinamica si presenta sempre, ad esempio. Nota che questo non ha nulla a che fare con i tipi dinamici, piuttosto è una tecnica efficiente per srotolare le chiamate ricorsive.
Ci sono dozzine di libri sugli algoritmi in bioinformatica. Un paio di quelli che posso nominare in cima alla mia testa sono: Analisi della sequenza biologica e Un'introduzione agli algoritmi di bioinformatica
Se devi lavorare su grandi set di dati, devi imparare come gestirli in modo efficiente.
Pensa solo se stai per fare l'analisi delle immagini su un'immagine TIFF da 2 Gb. O sequenza di corrispondenza su un dataset del genoma da 150 Gb.
Quando ti sposti da "niente è lento" a "questa operazione è veloce e QUESTO è molto, molto lento ma QUESTE operazioni sono veloci", i tuoi algoritmi tendono a cambiare. È relativamente economico manipolare i dati in memoria anziché doverli prelevare dal disco tutto il tempo, ed è relativamente economico manipolare i dati nella cache della CPU anziché doverli prelevare dalla memoria tutto il tempo. In altre parole, gli algoritmi che prendono in considerazione saranno più veloci con risultati più rapidi, più pubblicazioni e premi Nobel e fama.
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