Le cose importanti non sono tanto la licenza che tu stai usando, ma piuttosto la licenza utilizzata dalla libreria di terze parti.
Supponendo di aver ottenuto la libreria di terze parti con mezzi legali, la licenza di quella libreria determina cosa puoi fare con essa e con quali condizioni devi rispettare se vuoi distribuire la tua combinazione programma + libreria.
Poiché la libreria flot utilizza la licenza MIT, puoi utilizzare liberamente la libreria nel tuo progetto. Devi solo assicurarti che il testo della licenza sia conservato con i file dalla libreria flot.
Un caso diverso si verifica se la libreria di terze parti utilizza una licenza di copyleft strong, come la GPL.
Queste licenze stabiliscono che devono essere applicate all'intero prodotto del programma + alle biblioteche. Ciò significa che se si utilizza una libreria GPL, quindi, per tutti gli scopi pratici, è necessario utilizzare anche la GPL per il proprio codice. Tecnicamente, puoi utilizzare una licenza diversa, più permissiva, ma i termini GPL si applicano comunque al codice, quindi non c'è molto senso farlo.