Sto creando una domanda per vedere se la mia comprensione della separazione MVC è corretta, non sono stato in grado di trovare una risposta chiara ovunque online. Quindi questo è il modo giusto per implementarlo (in Java):
Avrei 3 file .java, uno per modello, controller, vista. Metterei tutte le classi correlate a Model in Model.java in questo modo:
//Model.java {
    public class Model
    //class fields
    public Model();
    public ModelClassA();
    public ModelClassB();
    public ModelClassC();
    }
Con le ModelClasses si intende qualsiasi classe che considero appartenente al Modello. È corretto avere le classi all'interno della classe del modello, poiché ho letto che le classi annidate dovrebbero essere evitate laddove possibile.