Non uso CodeIgniter, ma come sviluppatore di Rails che usava solo phpMyAdmin e ora utilizza le migrazioni, direi che i principali vantaggi sono:
- È un modo semplice per portare il codice su una workstation diversa. Invece di dover scaricare il file SQL e importarlo nell'altra workstation, è sufficiente eseguire le migrazioni.
- Ti permette di mantenere lo schema del tuo database in sincronia con i tuoi colleghi. Quando una tabella viene modificata, chiunque può eseguire la migrazione e tu sei pronto.
- Ti consente di ripristinare facilmente le modifiche al database se causano problemi.
- Documenta le modifiche apportate alla struttura del database.