Dato che hai detto "alcuni" degli endpoint, significa che l'API interna e l'API pubblica sono già interfacce significativamente diverse, oltre ad avere basi utente completamente diverse. Pertanto, è del tutto possibile che si possa aver bisogno di cambiare in modi che non dovrebbero avere alcun effetto sull'altro. Quindi sì , ha perfettamente senso utilizzare numeri di versione separati per ciascuna API.
Assicurati solo che il modo in cui esponi questi endpoint sia sufficientemente flessibile da consentire di apportare modifiche all'API pubblica o all'API interna senza influire sull'altro, se lo desideri. E dovresti avere due "dichiarazioni API pubbliche" completamente distinte (indipendentemente dal significato di file di intestazione o documentazione API o qualcos'altro per il tuo progetto).