Penso che questa domanda sia altamente motivata dall'opinione pubblica, ma dal momento che ne ho una, condividerò: penso che sia molto più brutto costruire i template dalle stringhe. È anche oggettivamente più difficile lavorare con, collaborare, ecc.
Manterrei i template nei tag script opportunamente tipizzati con id in un singolo file HTML, o se è necessario, suddividiamo i gruppi di template in base allo scopo o al modulo all'interno dell'applicazione. Ma ti scoraggio molto dal costruirli come stringhe.
Ad esempio,
com.acme.app.assets.templates.account-templates.html
<script type="text/x-mustache-template" id="account-login-template">
...
</script>
<script type="text/x-mustache-template" id="account-signup-template">
...
</script>
com.acme.app.assets.templates.shop-templates.html
<script type="text/x-mustache-template" id="shop-home-template">
...
</script>
<script type="text/x-mustache-template" id="shop-cart-template">
...
</script>