Configurare il flusso di lavoro del gestore dell'integrazione

Sono nuovo di git e vorrei impostare un cosiddetto "workflow del gestore dell'integrazione" come definito per sito web ufficiale Git con il seguente diagramma

Perquantohocapito,perfarequestohobisognodiusareilseguentecomando:

git--bareinit

perrendereladirectoryilmio"repository benedetto" e quindi impostare i permessi di lettura / scrittura di conseguenza con il gestore del filesystem del sistema operativo.

Tuttavia, un problema che ho con questo metodo è che una directory nuda non presenta i file effettivi (ad esempio main.c, method1.c, ...) ma solo file leggibili. Temo che la mia gestione potrebbe avere problemi perché avrebbero paura che i file effettivi potrebbero essere persi / non recuperabili o non identificabili direttamente quando si guarda la directory.

Posso lavorare con una directory non nuda mentre sto ancora implementando il flusso di lavoro desiderato? È consigliato / buona pratica?