Il compilatore proprio del progetto GNU non supporta C99. È ovvio che il progetto GNU non vuole software GNU che non può essere compilato con il software GNU.
L'intero punto del progetto GNU è di avere un ambiente operativo sviluppato in modo indipendente, che è soprattutto gratuito, ma in secondo luogo anche autosufficiente. Non essere in grado di compilare se stesso sarebbe un enorme passo indietro.
Naturalmente, questo ragionamento si applica solo al progetto GNU, non al Software Libero in generale. Tuttavia, come altri hanno sottolineato, attualmente ci sono solo due compilatori che supportano C99, ed entrambi sono proprietari (o almeno controllati da una società non esattamente esente da software). Inoltre, entrambi questi compilatori hanno come target solo un insieme molto limitato di sistemi operativi e CPU (ad esempio, Oracle Solaris Studio ha come target solo 5 piattaforme (Solaris / Sparc, Solaris / x86, Solaris / AMD64, Linux / x86, Linux / AMD64) a differenza di GCC, per esempio, quali bersagli ... beh, in realtà non ho idea di quante piattaforme abbia come target, ma AFAIK è ben più di 50), quindi richiedendo C99, non limiteresti il tuo software solo a due compilatori, ma anche un piccolo set di piattaforme, ancora, molte di proprietà.
Nota che ci sono sottoinsiemi di C99 che sono molto più ampiamente supportati, per esempio in GCC.