Model View Controller non è solo per applicazioni con GUI. Molto semplicemente è l'idea che puoi separare il tuo codice in almeno tre aree di responsabilità. In realtà, in MVC il fatto che la tua applicazione sia una CLI è un dettaglio al quale il modello può essere beatamente inconsapevole. Uno dei vantaggi di questo è che puoi utilizzare lo stesso modello in modo intatto se decidi di creare una versione GUI della tua app.
CLI o no, il "grado" al quale dovresti seguire MVC dipende interamente da quanto ti preoccupi di scrivere codice che accetti un cambiamento di requisiti. Altrimenti, feh, a chi importa?
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