Faccio la stessa cosa abbastanza spesso in realtà. Ho un processo in due fasi:
1) Effettua il backup del database in una directory figlio nella cartella del progetto
2) Esegui il backup della cartella del progetto sul disco
È davvero un processo molto, molto che non vale nemmeno il doppio. Se non si dispone del controllo della versione e, soprattutto, se si è un unico sviluppatore del progetto, non vedo alcun problema con questo. Raccomando di mantenere una cronologia di circa una settimana di progressi (forse più o meno a seconda della velocità con cui il progetto viene sviluppato).