Questa domanda ha alcune supposizioni errate, cercherò di chiarirle prima:
I sali non vengono utilizzati come input per la crittografia ma come input per funzioni unidirezionali come gli hash.
Alcuni siti possono archiviare database di password, ovvero il modo in cui possono essere violati e le password degli utenti rubate, ma NON dovresti farlo. La pratica generale è di memorizzare gli hash delle password (e dei sali, vedi sopra) e quando un utente prova ad accedere, hash la password fornita e confronta gli hash.
[Google fa tutto rapidamente. Non so se mappano / riducono per l'autenticazione ma hanno un sacco di persone intelligenti che lavorano su di esso, forse questa dovrebbe essere una domanda separata.]
Gli hash salati vengono quindi memorizzati da qualche parte sul server. In termini di sicurezza, non credo che faccia alcuna differenza se li si archivia in un file, in un database relazionale o in un database NOSQL. Per velocizzare la "scala web", probabilmente vorrete dare un'occhiata ai database NOSQL e memorizzare nella cache i dati piuttosto che usare l'IO su disco.