Come è difficile gestire "un mucchio di file"?
Non è diverso da quando scrivi il tuo codice, tranne che non hai una conoscenza preliminare della sua organizzazione a meno che non sia documentato.
Se tu, come programmatore affermato, non riesci a capire la struttura del progetto da "un mucchio di file" o è un progetto estremamente mal organizzato, o sei un programmatore incapace (o, in casi estremi, entrambi) .
Inizia a leggere, prova a trovare alcuni punti di ingresso o altre classi / metodi pivot essenziali, e costruisci una comprensione di come tutto si unisce da lì.
Non sarà istantaneo, ci vorrà del tempo, ma può essere fatto anche se non c'è affatto documentazione.