La discussione tra queste due tecnologie simili è molto lunga e nessuno è migliore degli altri, solo per due cose diverse.
Su ASP.NET WebForms (classico ASP.NET) hai molti controlli, una vasta gamma di controlli che puoi selezionare, trascinare e rilasciare e configurare, è molto veloce ma hai molti ostacoli quando vuoi gestire a livello più basso l'html della pagina, e il codice è molto disordinato.
Su ASP.NET MVC hai un sacco di controllo sul tuo html e puoi fare quasi tutto, voglio dire qualsiasi cosa con stili e html, ma soprattutto devi farlo a mano. Ma uno dei grandi vantaggi di MVC è l'ordine del codice, hai sempre una soluzione ordinata, progetti e clases, è un ottimo modello.
Infine non preoccuparti di avere progetti diversi con tecnologie diverse, è un caso comune, più di quanto pensi, e se pensi che MVC sia migliore per il nuovo progetto, è una scelta davvero buona.
Spero che questo ti aiuti. Sono un insegnante di sviluppo web sul corso 10264