Per .NET, c'è un'app chiamata Tree Surgeon che espone un albero di sviluppo per i progetti .NET. È un po 'datato e non sono sicuro di quanto sia standard, ma è un punto di partenza interessante.
Per i miei progetti esterni a .NET, tendo a configurare una cartella per il codice sorgente, una cartella per i test e una cartella per librerie di terze parti da cui dipendo. Ci sono spesso sottocartelle sotto ciascuna per consentire il raggruppamento per feature o spazio dei nomi.
In .NET, permetto a Visual Studio di organizzarsi e creare una cartella per la soluzione e quindi una cartella per progetto sotto di essa, anche se a volte corro i progetti di test in una sottocartella "Tests". Creo ancora la cartella "lib" per le dipendenze di terze parti e in genere va nella cartella della soluzione principale.
Per i progetti web puoi anche guardare framework come Rails, Django, ecc.
In generale, quando consideri il layout sorgente, assicurati che non finirai per combattere gli strumenti che usi per mantenerlo. Alcuni framework applicano i layout (Maven, Rails, ecc.) E non puoi fare molto. In alcuni casi andare contro corrente sarebbe solo un fastidio (come in Visual Studio), ma sarebbe un fastidio persistente con cui dovresti avere a che fare ogni giorno.