È meglio mappare su quale semantica si sta tentando di comunicare.
/api/organization/:orgId/users/:userId
Questo mi sembra che ci sia un gruppo di organizzazioni, e per ogni organizzazione, ci sono un sacco di utenti e tu vuoi ottenere informazioni per quell'utente.
/api/users/:userId?organizationId=orgId
Questo mi sembra che ci sia un gruppo di utenti e ogni utente può appartenere a un gruppo di organizzazioni e tu stai chiedendo le informazioni dell'utente nel contesto di tale organizzazione.
Se aiuta, ecco il tipo di situazione in cui utilizzerei un parametro di query:
/api/users/23642346?language=swahili
Poiché "lingua" controlla solo il modo in cui i dati vengono presentati, non quello che è, ha senso renderlo un parametro, non parte del modello di dati.
Ora non posso dire con certezza come gestire i tuoi dati, dato che non so per certo cosa sia effettivamente "Organizzazione", ma se si tratta di una situazione simile a quella che ho descritto per la prima opzione, quella è la vorrei andare.