Sarebbe normale per un nuovo sviluppatore adattarsi a ciò che il resto del team sta usando, a meno che il lavoro dei sogni non sia quello in cui si è il team :). Ecco alcuni strumenti che funzionano per me (ti consigliamo di confrontare le note con le altre risposte).
IDE: consiglierei gli strumenti JetBrains, PhpStorm (specifico per PHP) o IntelliJ IDEA (le funzionalità super-nuove appaiono leggermente dopo PhpStorm ma funzionano per più lingue, io faccio Java, Python, Ruby e PHP). A differenza di molti altri strumenti costano soldi veri, ma dal momento che sei nel lavoro dei tuoi sogni, convincere il tuo capo a pagare non dovrebbe essere un problema :). Vale la pena pagare per questi strumenti piuttosto che gli altri IDE Java trasformati in poliglotta (Netbeans, Eclipse), se non altro per l'editor decisamente migliore.
In generale su IDE vs editor di testo: mi piace l'evidenziazione e il completamento della sintassi bellissima, così come l'integrazione grafica con il debugger e il controllo di revisione che IDEA mi offre. Molti veterani brizzolati ti diranno che non hanno bisogno o vogliono quelle caratteristiche, quindi se Notepad ++ funziona per te va bene.
Controllo revisioni: il concetto DVCS sembra standard in questi giorni; Git è molto popolare su Linux ma suona come Mercurial potrebbe essere più user-friendly su windows.
Bug Tracker: le grandi aziende in cui ho lavorato hanno utilizzato Jira . Per i progetti personali uso PivotalTracker (si spinge di più verso la gestione dei progetti con la metodologia di Scrum, ma potrebbe essere usato solo per gestire i bug). Ho anche sentito parlare di Redmine .
Sviluppo web: non l'hai chiesto esplicitamente, ma immagino che il tuo lavoro coinvolgerà web dev in generale. Plugin di Firefox:
C'era un add-on chiamato FirefoxThrottle che ti permetteva di vedere come i tuoi siti venivano eseguiti su connessioni lente. Non esiste più ma puoi ancora utilizzare Speed Simulator su Windows.