Come spesso accade nel calcolo, la risposta è (a) a causa delle circostanze storiche e della necessità di mantenere la retrocompatibilità e (b) perché alcuni metodi sono più adatti ad alcuni compiti di altri.
On (a) è necessario ricordare che il "drive Winchester" - sono abbastanza vecchio per ricordare che sono stati chiamati così - (ciò che il resto del mondo chiama un "hard disk") è stato solo intorno circa la metà del tempo del calcolo elettronico e anche in quel caso non è stato accessibile alla maggior parte degli utenti nemmeno per lunghi motivi. Il file system FAT ha funzionato bene su floppy disk e anche sui piccoli dischi rigidi originali in quanto era ragionevolmente efficiente e richiedeva un basso overhead. Una volta iniziato a essere utilizzato - e il suo uso si è diffuso ampiamente perché è semplice da implementare - i produttori non potevano dire ai propri utenti che i loro vecchi dati erano improvvisamente non validi.
Allo stesso modo, per gli utenti di Linux, ad esempio, un driver NTFS stabile era in arrivo da molto tempo, quindi mantenere i dispositivi formattati come FAT significava che potevano essere letti e scritti su più sistemi.
On (b) - Pensa alle differenze tra un sistema che, ad esempio, memorizza, miliardi di record di database basati su testo e uno che archivia file multimediali di lunghezza DVD. Per il databse ogni record potrebbe essere molto piccolo - forse solo 30 o 40 byte e certamente un filesystem che ha assegnato un intero 'segmento' (comunque lo si voglia definire) del disco rischia di essere uno spreco di spazio. Non così con i DVD - i "segmenti" più grandi (entro limiti ragionevoli, ovviamente) sono probabilmente molto efficienti in termini di spazio.
Quindi diversi filesystem sono progettati per scopi diversi.