La mia esperienza in questo genere di cose è preferire rimanere coerente all'interno del mio programma. In altre parole, senti che non puoi fare a meno di un database, quindi il tuo programma sarebbe probabilmente più robusto se dipendesse solo da quel database piuttosto che dal file system. Più componenti il tuo programma dipende, più diventa problematico in termini di manutenzione e installazione.
Tuttavia, suppongo che dipenda anche dalla tua applicazione. Le configurazioni specifiche per l'installazione non hanno posto in un database che può essere potenzialmente condiviso. Le informazioni contenute all'interno possono anche presentare rischi per la sicurezza in quel caso. Tuttavia, di nuovo, dipende dalla tua applicazione. Se si intende avere un database per installazione e questo database è accessibile localmente (non un database pubblico), questo non è più importante, tuttavia se dovessi trovarti in quella posizione, dovresti probabilmente usare sia una configurazione locale basata su file (JSON , YAML, XML, qualunque sia la tua preferenza) per le informazioni specifiche per quella particolare installazione, così come un database per tutto il resto.
Altrimenti, rimango con il database. Quindi, se l'applicazione non richiede un database, non è necessario aggiungere una dipendenza a un database semplicemente per posizionare la configurazione. A quel punto avrebbe senso utilizzare rigorosamente solo una configurazione locale sul file system.
Spero che ti aiuti!