Non sono un avvocato, quindi questo non dovrebbe essere considerato un consiglio legale definitivo.
Non menzioni se ci sono problemi di licenza con il vecchio codice ecc. Quindi presumo che siano di proprietà.
In generale, tutto il codice, i marchi e l'IP dovrebbero appartenere all'azienda A. Questo è ciò che fondamentalmente vieni pagato per fare lì. La conoscenza rimane tua, ma può essere soggetta a una non divulgazione o restrizione di un qualche tipo di commercio. Se l'uso delle tue conoscenze è limitato, allora penso che ci sia poco che puoi fare.
In generale quello che sai è il tuo, è la tua abilità e il tuo mestiere - sarebbe molto difficile limitare te e la tua capacità di praticarlo.
Se l'algoritmo sviluppato è davvero unico, dovrebbe essere stato brevettato. Se non è brevettato (o in attesa), allora la domanda diventa: esiste arte anteriore o è in qualche modo una conoscenza pubblica?
Francamente; in caso di dubbio non usarlo. "Fai la cosa giusta" - risviluppalo ; probabilmente avrà miglioramenti, personalizzazioni e sarà comunque in una situazione generalmente migliore.