Risposta breve:
Forse.
Risposta lunga:
Esistono un paio di percorsi di eccezione che potrebbero consentirti di fare ciò che stai suggerendo.
Il primo approccio consiste nel fare in modo che l'app GPL fornisca solo i dati alla seconda app non GPL. Vedi qui per ulteriori dettagli.
Un altro approccio si basa sulla creazione di una struttura di plugin, ma questo è un approccio complicato. Vedi qui per i commenti di FSF su questo approccio.
A seconda del programma GPL originale, potresti essere in grado di scrivere un modulo con permessi aggiuntivi, ma è probabile che anche questo sia difficile da fare. Vedi queste domande frequenti sulla FSF
Infine, se non si distribuisce mai la seconda applicazione, non è necessario distribuire l'origine secondo i termini della GPL.