Se stavi usando JGraph, dovresti provare a JGraphT che è progettato per gli algoritmi. Una delle sue caratteristiche è la visualizzazione utilizzando la libreria JGraph.
È ancora in fase di sviluppo, ma in uno stato piuttosto stabile. Ho analizzato la complessità degli algoritmi di JGrapT qualche tempo fa. Alcuni di essi non sono i più veloci, ma se li implementi da soli e devi visualizzare il tuo grafico, potrebbe essere la scelta migliore.
Mi è davvero piaciuto usare la sua API, quando ho dovuto scrivere rapidamente un'app che stava lavorando sul grafico e mostrandola in seguito.
Riferimento, ecco un Hello World! Esempio .