I file in genere indicano la loro codifica con un'intestazione di file. Esistono molti esempi  qui . Tuttavia, anche leggendo l'intestazione  non puoi mai essere sicuro di quale codifica si stia effettivamente utilizzando un file . 
 Ad esempio, un file con i primi tre byte   0xEF,0xBB,0xBF    è  probabilmente  un file con codifica UTF-8. Tuttavia, potrebbe trattarsi di un file ISO-8859-1 che inizia con i caratteri      . Oppure potrebbe essere completamente un tipo di file diverso. 
 Notepad ++ fa del suo meglio per indovinare la codifica utilizzata da un file, e nella maggior parte dei casi riesce a farlo correttamente. A volte capita male, ecco perché il menu 'Encoding' è lì, quindi puoi ignorare la sua ipotesi migliore. 
 Per le due codifiche che hai citato: 
-  I file "UCS-2 Little Endian" sono file UTF-16 (basati su ciò che ho capito dalle informazioni  qui ) quindi  probabilmente  inizia con   0xFF,0xFEcome i primi 2 byte. Da quello che posso dire, Notepad ++ li descrive come "UCS-2" dal momento che non supporta alcuni aspetti di UTF-16.
-  I file "UTF-8 senza BOM" non hanno byte di intestazione. Questo è ciò che significa il bit "senza BOM".