Bene, puoi "offuscare" il codice rimuovendo tutti i nomi riconoscibili che non sono essenziali per il funzionamento del codice. (E la minificazione è una buona approssimazione all'offuscamento.)
Tuttavia, resta il fatto che Javascript deve essere consegnato (al browser dell'utente) come codice sorgente che è in definitiva compilabile ed eseguibile dal browser. Ciò significa che chiunque controlli il browser sarà sempre in grado di decodificare qualsiasi "segreto" incorporato nel codice ... e che include algoritmi segreti.
(Per inciso, questo vale per TUTTI i metodi di consegna degli algoritmi.Se non si controlla la piattaforma di esecuzione, qualsiasi meccanismo per proteggere o nascondere un algoritmo segreto può essere infranto ... dato tempo e motivazione sufficienti.)
La soluzione è non incorporare gli algoritmi. Tenerli dal lato server e fare in modo che il browser effettui una chiamata al server per eseguirli.
In alternativa, usa una soluzione legale: chiedi a tutti gli utenti di firmare un accordo legalmente esecutivo che abbia "denti" ... e applicalo vigorosamente! (ATTENZIONE: questo non ti renderà popolare con i tuoi utenti ...)