Dato T = {CTAGC, GAGCG, AGCGG, CGGAG} , utilizzando un algoritmo avido , la superstringa S sarà CTAGCGGAGCG .
Da S , la combinazione di terzine sarà data come s = {CTA, TAG, AGC , GCG , CGG, GGA, GAG, AGC , GCG } .
Entrambi GCG e AGC vengono ripetuti.
Se si utilizza s per recuperare la superstringa usando il metodo Hamiltoniano, le parole ripetute saranno usate o omesse?
Se la parola ripetuta viene omessa, allora CTA , TAG , AGC , GCG , CGG , GGA e GAG costruiti indietro diventeranno GTAGCGGAGC .
Quindi, alla fine, sia il metodo goloso che il metodo hamiltoniano forniranno risultati diversi nella superstringa.
Perché sono diversi? Nella mia ricerca, tutti gli esempi che ho trovato hanno mostrato che non ci sono parole ripetute nella combinazione, quindi se ricostruisco la superstringa usando il metodo Hamiltoniano, il risultato dei metodi avidi e Hamiltoniani sarà lo stesso. Ma per quanto riguarda le parole ripetute?