L'idea è fondamentalmente errata e non può essere recuperata.
Per iniziare con il primo problema: collegare un "stick" USB (dispositivo di archiviazione di massa) in un computer farà in modo che quel computer configuri i suoi driver USB e file system per poter accedere a qualsiasi file memorizzato su quella chiavetta USB. Se il sistema è infetto, questo processo potrebbe già modificare quei file - fisicamente sul disco o durante il caricamento nella RAM.
Quindi, anche se la tua CMD.EXE era corretta sulla chiavetta USB, non puoi contare sul fatto che resti così o che venga caricata correttamente.
Il prossimo problema, supponendo che CMD.EXE carichi correttamente, è che deve essere eseguito. Il processo Win32 avrà diverse DLL di sistema caricate. Anche quelli potrebbero essere infetti. Non è possibile sovrascriverlo fornendo le "DLL" alternative "proprie". Questo è in effetti un meccanismo di sicurezza, perché questo ti protegge dal caricamento di DLL infette alternative e ottenendo infetto. Naturalmente, nel tuo scenario il sistema è già infetto.
Ma anche se il CMD.EXE viene caricato, anche se le DLL di sistema non sono interessate, il processo ottiene una visione limitata del PC su cui è in esecuzione. Non puoi sapere più se sei veramente in esecuzione come amministratore con una panoramica completa, tutte queste ipotesi sono errate una volta che il sistema è stato compromesso.