Sì, con vulnerabilità e privilegi appropriati, un malware che tenta di nascondersi dal rilevamento anche dai programmi di sicurezza è chiamato rootkit.
Possono farlo modificando il sistema operativo stesso o, a volte, il firmware nell'hardware, in modo che il sistema operativo e l'hardware si trovino all'utente e ad altri programmi. Ad esempio, un rootkit può sostituire il codice nel kernel che restituisce l'elenco delle directory per escludere i suoi file.
In generale, un rootkit dovrebbe in qualche modo ottenere privilegi di amministratore prima di installarsi abbastanza profondamente da diventare non rilevabile, di solito attraverso altre vulnerabilità o inducendo l'utente a eseguirlo con privilegi di amministratore.
I malware che funzionano a questo livello di furtività sono molto rari, poiché sono difficili da scrivere e la maggior parte dei malware ha abbastanza successo anche quando non sono così nascosti.