Usiamo una combinazione di FogBugz e l'eccellente scheda Kanban di Stefan Rusek. FogBugz gestisce il monitoraggio dei ticket, i grafici di burndown (e molto altro) e recentemente hanno aggiunto il forno, che è un Mercurial integrato e ospitato.
Inoltre, anche se non l'ho ancora provato, capisco che alcune persone intelligenti di Java che conosco sono interessate a JBehave, un framework BDD per Java.
Sono pienamente d'accordo con la risposta molto più approfondita di @Guillaume. Aggiungerei comunque una cosa, anche se sono a rischio di affermare l'ovvio:
Affinché funzioni con agilità, devi scrivere storie di utenti per esprimere la funzionalità che desideri. Forse quello che voglio dire è che non si può lasciare che le persone scrivano solo le specifiche funzionali della vecchia scuola e si aspettino che funzioni agile. La storia dell'utente è davvero il mattone di base per tutta la faccenda.