Il monitoraggio manuale di qualsiasi tipo di malware non è esattamente pratico (anche su un singolo computer, figuriamoci in qualsiasi tipo di impostazione aziendale). Inoltre, la risposta a questa domanda dipenderà dal sistema operativo a cui ti stai riferendo.
Prenderò per scontato che tu stia usando un sistema operativo Windows. Se sei veramente determinato a condurre una sorta di ricerca manuale, ordina per data di modifica e cerca nelle directory comuni in tutti i sistemi (file di sistema, utente corrente, file di programma, ecc.).
Per quanto riguarda le vulnerabilità java, tieniti aggiornato sulle notifiche di exploit e mantieni aggiornata la tua JVM.