La tua domanda sembra riguardare la conservazione dei file per ragioni di sicurezza, non per motivi di protezione della proprietà intellettuale. Non dovresti preoccuparti di condividere i tuoi file, in particolare il codice del tuo abbonamento. Se hai creato un provider di appartenenza personalizzato, è particolarmente importante che tu lasci che altre persone lo esaminino per potenziali difetti di sicurezza. Se hai utilizzato l'abbonamento standard, come Identity o SimpleMembership, non c'è alcun vantaggio nel nascondere tale fatto.
In termini pratici in qualsiasi progetto ASP.NET MVC su cui ho lavorato, l'aspetto dell'appartenenza è così profondamente associato al resto del codice che sarebbe quasi impossibile rimuoverlo senza rendere il progetto inutile ai tuoi collaboratori, o ponendo un onere di integrazione eccessivamente grande su di te per le modifiche fatte da loro.