In primo luogo, veramente devi usare le password? Le chiavi SSH sarebbero molto più adatte per "un automa nel crontab per connettersi ad altri server".
Se è necessario memorizzare tali password, l'installazione corretta creerebbe un account utente specifico (non root) per questo caso, memorizzando il file in un file di autorizzazione di 400 di proprietà di questo utente e eseguendo l'esecuzione binaria dell'automa con setuid bit ( link ) impostato sullo stesso account.
I.e., per un normale account utente quel file sarebbe leggibile solo attraverso quell'automa e non con altri mezzi.
Non credo che la crittografia aggiunga sicurezza se la memorizzazione della chiave di crittografia non è più sicura dell'archiviazione della password.
Se l'automa è un file binario e qui includi una chiave, devi assicurarti che sia eseguibile ma non leggibile. Se l'automa è uno script eseguibile, non è possibile memorizzare la chiave al suo interno in modo sicuro.